自然避孕法的可靠性因人而异，正确使用时避孕成功率约为76%至99%，但实际使用中失败率可能较高。该方法主要通过监测生理信号来推算排卵期，避开易孕期进行性生活，但易受多种因素影响。
自然避孕法的可靠性主要与使用方法的准确性有关。安全期法需严格记录月经周期，但周期不规律或外界因素如压力、疾病可能导致排卵时间变化。基础体温法要求每日清晨测量体温，发现体温升高后3天为安全期，但体温波动可能受睡眠、疾病干扰。宫颈粘液观察法依赖黏液性状判断排卵，需持续学习识别技巧，操作不当易误判。
实际使用中，自然避孕法的失败率约12%至24%，明显高于避孕套、口服避孕药等常规方法。建议月经周期极其规律的女性在专业指导下使用，同时建议配合避孕套等屏障法提升安全性。若出现月经推迟等意外怀孕迹象，应及时就医检查。对于需要高可靠性避孕的人群，建议优先考虑宫内节育器、皮下埋植剂等长效可逆避孕方式。