川崎病在及时规范治疗的情况下，多数患儿可以达到临床治愈。该病属于自限性疾病，早期接受免疫球蛋白联合阿司匹林治疗后，大部分患儿预后良好，通常不会遗留后遗症。
川崎病的主要危害在于未及时治疗可能诱发冠状动脉病变。若发病10天内未进行规范治疗，约有20%-25%的患儿会出现冠状动脉扩张或冠状动脉瘤，这类并发症可能导致心肌缺血、心律失常等长期健康问题。对于已出现冠状动脉病变的患儿，需要长期服用抗血小板药物如阿司匹林肠溶片、氯吡格雷片等进行二级预防，并定期进行心脏彩超和心电图监测。
建议确诊川崎病后立即住院治疗，在病程5-10天内使用免疫球蛋白效果最佳。治疗后需遵医嘱定期复查冠状动脉情况，至少每6个月进行心脏超声检查。日常生活中需注意预防感染，疫苗接种建议推迟至病情稳定后3-6个月进行。