水蛭素作为一种抗凝药物，可能引发出血风险、过敏反应、消化道不适等副作用。使用过程中需严格遵医嘱，并密切观察身体反应。
水蛭素通过抑制凝血酶活性发挥抗凝作用，但可能增加异常出血的概率，如鼻出血、牙龈出血或皮下瘀斑等轻微症状，严重时可能发生内脏出血。部分患者可能对水蛭素成分过敏，出现皮肤瘙痒、荨麻疹，甚至呼吸困难等全身性过敏反应。此外，胃肠功能敏感者可能出现恶心、呕吐、腹泻等消化道不良反应，长期使用需警惕肝肾功能指标异常。
用药期间需定期监测凝血功能及肝肾功能指标，如出现黑便、血尿、持续头痛等异常出血症状，或皮疹、喉头水肿等过敏体征，应立即停药并就医。存在活动性出血、近期手术史、凝血功能障碍或严重肝肾疾病患者禁用该药物，孕妇及哺乳期妇女需经专业评估后谨慎使用。