甲胎蛋白检查对早期肝癌的诊断准确性有限，通常不能单独作为诊断依据，需结合影像学检查综合判断。甲胎蛋白水平升高可能提示肝癌，但部分早期患者可能并无明显升高，且其他肝病也可能导致其水平异常。
甲胎蛋白是一种常用于肝癌筛查的肿瘤标志物，但其在早期肝癌中的灵敏度仅为60%至70%。约30%的肝癌患者在早期阶段甲胎蛋白水平可能完全正常，特别是肿瘤直径小于3厘米的病灶更难通过该指标发现。妊娠、活动性肝炎、生殖细胞肿瘤等十余种非肝癌疾病同样会引起该指标异常升高，容易造成假阳性结果。
对于肝癌高危人群，临床指南推荐每6个月联合甲胎蛋白检测和肝脏超声检查。若发现甲胎蛋白水平呈进行性升高或持续超过400μg/L，需进一步进行增强CT或磁共振检查。近年来异常凝血酶原等新型血清标志物的联合应用，可使早期肝癌检出率提升至85%以上。
建议有慢性乙型肝炎、肝硬化等肝癌高危因素者定期进行肝癌三项联合筛查。若发现甲胎蛋白异常升高，应及时到肝胆外科就诊，通过影像学检查明确诊断，避免因单一指标异常产生不必要的焦虑。临床实践中约60%的早期肝癌是通过超声检查首先发现的。