甲硝唑一般可以治疗由特定原虫引起的肠道寄生虫感染，但对多数常见的肠道蠕虫感染无效。其疗效主要取决于感染病原体的种类，需遵医嘱使用。
甲硝唑是一种抗厌氧菌和抗原虫药物，对溶组织内阿米巴、阴道毛滴虫等原虫有较强杀灭作用。对于阿米巴原虫引起的肠道感染如阿米巴痢疾，该药能通过干扰病原体DNA合成抑制其生长。对于贾第鞭毛虫感染，甲硝唑也能通过破坏虫体结构发挥治疗作用。但对于蛔虫、钩虫、绦虫等蠕虫类寄生虫，该药物缺乏针对性杀灭作用，通常需要阿苯达唑、吡喹酮等驱虫药物治疗。
使用甲硝唑前应通过粪便检查、免疫学检测等手段明确病原体类型。治疗期间需注意可能出现恶心、金属味觉等不良反应，用药期间及停药后3日内应避免饮酒。若出现皮疹、神经异常等症状需及时就医调整治疗方案。