紧急避孕药可能会引起暂时性的内分泌失调，但多数情况下可自行恢复。这类药物主要通过大剂量激素干扰排卵或受精卵着床，频繁使用可能对内分泌系统产生一定影响。
紧急避孕药的主要成分是左炔诺孕酮，属于高效孕激素。其作用机制是通过抑制排卵、改变子宫内膜形态或干扰受精卵着床来达到避孕效果。单次使用通常不会造成持续影响，但异常出血、月经周期改变等短期内分泌紊乱症状发生率约为15-25%。
使用频率是影响内分泌的关键因素。世界卫生组织建议每月最多使用1次，每年不超过3次。频繁使用（如季度超过2次）可能导致月经紊乱概率上升至30%以上，长期不规范使用可能引发持续性月经失调。个体差异方面，体重指数超过25、多囊卵巢综合征患者、青少年女性等群体更易出现激素水平波动。
建议将紧急避孕药作为避孕失败的补救措施，不宜替代常规避孕方式。若用药后出现持续3个月以上的月经紊乱、异常出血或闭经，应及时妇科就诊。对于有避孕需求的女性，更推荐使用短效口服避孕药、避孕环等可调控的避孕方式，这些方法在医生指导下使用对内分泌系统影响更可控。