自慰后阴茎疼痛通常可以挂泌尿外科、男科或皮肤性病科，具体需根据伴随症状和病因选择科室。若疼痛持续或伴随其他异常表现，建议及时就医明确诊断。
1、泌尿外科
自慰后阴茎疼痛可能与泌尿系统感染、尿道损伤或前列腺炎相关。泌尿外科可针对尿频、尿急、血尿等症状进行检查，如尿常规、超声等，并治疗相关疾病。例如细菌性感染可使用抗生素类药物，如左氧氟沙星片、头孢克肟胶囊等。
2、男科
若疼痛伴随勃起功能障碍、包皮红肿或精索静脉曲张等症状，可选择男科就诊。医生可能通过触诊、阴茎血流检测等方式评估阴茎结构异常或血液循环问题，并根据结果进行针对性治疗。
3、皮肤性病科
当阴茎皮肤出现溃疡、疱疹或异常分泌物时，需排除性传播疾病（如尖锐湿疣、生殖器疱疹）。该科室可通过分泌物检测、病毒筛查等手段诊断，并给予抗病毒药膏或局部治疗方案。
建议避免频繁自慰或动作过于剧烈，保持局部清洁干燥。若疼痛持续加重或伴随发热、排尿困难等情况，需尽快就医完善检查，遵医嘱进行治疗，切勿自行用药延误病情。