墨旱莲作为中药材使用时，正确采摘和保存有助于保留其有效成分。其干燥全草可入药，通常需在药用部位有效成分含量较高时采收，并避免霉变、虫蛀等影响质量的因素。
采收墨旱莲宜选择植株生长旺盛的夏秋季节，此时茎叶中有效成分积累较多。采收时用镰刀或枝剪从植株基部割取，注意保留根系以便次年再生。新鲜药材需及时摊放在竹席或通风处阴干，避免阳光直射导致叶绿素分解。若遇阴雨天气，可采用40℃以下低温烘干。干燥过程中需每日翻动2-3次，直至茎秆易折断即为干燥完成。
干燥后的墨旱莲应贮存在双层塑料袋或密封陶罐中，置于阴凉干燥处，环境湿度控制在70%以下。定期检查贮藏容器内是否有结露现象，梅雨季节可放置生石灰吸潮。家庭少量保存时，可将干燥药材与花椒按10:1比例混合密封，利用花椒挥发油防虫。需注意药材保存期限不宜超过2年，久贮可能导致黄酮类成分氧化降解。