男性生殖器疼痛通常可以挂泌尿外科、男科或皮肤性病科就诊，具体科室选择需结合疼痛原因和伴随症状。若症状持续或加重，建议及时就医明确诊断。
1、泌尿外科
泌尿外科主要处理泌尿生殖系统的器质性疾病。若疼痛伴随排尿灼热、尿频、血尿等症状，可能由尿道炎、前列腺炎或膀胱结石等引起。泌尿外科医生可通过尿常规、超声等检查明确是否存在感染、结石或肿瘤，并开具抗生素或解痉药物缓解症状。
2、男科
男科专注于男性生殖系统疾病。若疼痛与勃起功能障碍、睾丸肿胀或精索静脉曲张相关，可能需进行生殖器触诊、精液分析等检查。该科室可针对性处理附睾炎、精索炎等疾病，必要时采用抗炎治疗或物理疗法。
3、皮肤性病科
当疼痛伴随生殖器疱疹、溃疡、皮疹等皮肤病变时，需排查梅毒、尖锐湿疣等性传播疾病。该科室可通过分泌物检测、病毒筛查明确病原体，并给予抗病毒药物或局部治疗方案。
就诊前可观察是否伴有发热、分泌物异常或皮肤损伤等表现。若无法自行判断，建议到综合医院导诊台咨询分诊建议。需注意避免自行用药，尤其是抗生素滥用可能导致耐药性，具体治疗方案需严格遵循医嘱。