囊肿手术是否会留疤通常与手术方式、囊肿部位及个人体质有关。传统开放手术可能遗留明显瘢痕，而微创手术或穿刺治疗形成的瘢痕通常较轻微。
1、手术方式
传统开放手术需切开皮肤暴露囊肿，术后可能形成线状瘢痕，长度与囊肿大小相关。微创手术如腹腔镜通过微小切口操作，愈合后瘢痕直径多小于1cm。经皮穿刺抽吸术仅需针孔大小创口，恢复后几乎不可见。
2、囊肿位置及大小
位于皮肤浅层的表皮样囊肿术后瘢痕较明显，尤其在面部、颈部等暴露部位。直径超过5cm的囊肿因需扩大切口，瘢痕形成风险增加。关节部位囊肿因活动牵拉可能影响愈合，瘢痕相对明显。
3、个人体质
瘢痕体质者术后可能出现增生性瘢痕或瘢痕疙瘩，这类人群发生率约5%-15%。皮肤代谢旺盛的青少年愈合后瘢痕消退较快，中老年皮肤再生能力下降，瘢痕可能更持久。
建议术前与医生充分沟通术式选择，术后保持切口清洁干燥，拆线后及时使用硅酮类瘢痕凝胶。若出现瘢痕增生，可考虑激光治疗或局部注射糖皮质激素改善。具体瘢痕形成情况需根据个体差异综合评估。