三氯蔗糖作为人工甜味剂，目前研究认为在规定的安全剂量内长期摄入一般无害。国际食品安全机构如FDA和EFSA评估其每日允许摄入量为15mg/kg体重，正常使用不会超过此限值。
三氯蔗糖在体内不参与代谢，约85%经肠道直接排出体外，剩余部分经水解后通过尿液排出。部分动物实验显示，超剂量摄入可能影响肠道菌群平衡，但人类临床试验尚未发现类似显著影响。对于糖尿病患者，其不影响胰岛素分泌的特性已被多项研究证实，但个体差异仍需关注。
建议消费者遵循食品包装标注的添加量使用，特殊人群如孕妇、婴幼儿应咨询营养师。注意观察食用后是否出现腹胀、腹泻等消化道症状，若存在蔗糖酶-异麦芽糖酶缺乏症等遗传代谢疾病者需谨慎选择代糖产品。