肺栓塞的预后与栓塞面积、治疗及时性以及患者基础健康状况密切相关，多数患者经规范治疗后预后良好。大面积肺栓塞或合并严重基础疾病者可能预后较差，需积极干预。
1、栓塞面积
小面积肺栓塞患者及时接受抗凝或溶栓治疗，通常可有效溶解血栓，肺血流恢复后预后较好。若为大面积栓塞导致右心功能不全、持续性低血压甚至休克，死亡率可高达30%以上，幸存者可能遗留慢性血栓栓塞性肺动脉高压。
2、治疗及时性
发病后2小时内接受溶栓治疗能显著改善血流动力学，使死亡率降至8%以下。延误治疗超过48小时可能导致血栓机化，增加血栓清除难度，此时需考虑介入取栓或手术，但术后并发症风险相应升高。
3、基础疾病
合并恶性肿瘤、慢性心肺疾病或凝血功能障碍者，一年内复发率可达10%-20%。高龄患者因血管弹性差、合并症多，死亡率较年轻患者增加2-3倍。存在下肢深静脉血栓形成者需长期抗凝，国际标准化比值需维持在2.0-3.0以预防复发。
肺栓塞患者出院后应遵医嘱服用华法林、利伐沙班等抗凝药物至少3个月，定期监测凝血功能。建议穿着弹力袜预防下肢血栓，避免久坐超过2小时。出现呼吸困难加重或胸痛需立即就医，每年进行CT肺动脉造影或通气灌注扫描评估恢复情况。