复方甲硝唑栓治疗霉菌性阴道炎的效果一般，通常不作为首选药物。该药主要用于细菌性阴道病或滴虫性阴道炎，对真菌感染的治疗效果有限，建议根据具体病原体遵医嘱选择针对性药物。
复方甲硝唑栓主要成分为甲硝唑和制霉菌素，其中甲硝唑对厌氧菌、滴虫等病原体有抑制作用，但对念珠菌属的真菌感染效果较弱。制霉菌素虽能抑制部分真菌生长，但其抗真菌谱和渗透性不如克霉唑、氟康唑等唑类抗真菌药物。霉菌性阴道炎主要由白色念珠菌引起，临床通常采用局部克霉唑栓、硝酸咪康唑栓等唑类药物进行抗真菌治疗，或口服氟康唑片等系统用药。
若误用复方甲硝唑栓治疗霉菌性阴道炎，可能因药物针对性不足导致症状反复。建议患者进行白带常规检查明确病原体类型，确诊为霉菌性阴道炎后，可在医生指导下使用克霉唑阴道片、硝酸咪康唑乳膏等抗真菌药物，配合碳酸氢钠溶液坐浴辅助治疗。治疗期间需保持外阴清洁干燥，避免性生活及滥用抗生素。