结膜炎患者一般需要根据病因选择眼药水，如细菌性结膜炎可用抗生素类，病毒性结膜炎可用抗病毒类，过敏性结膜炎可用抗组胺类。用药前需明确诊断，避免自行滥用药物。
细菌性结膜炎可使用抗生素类眼药水，如左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液、氯霉素滴眼液等。这类药物能抑制细菌蛋白质合成，有效杀灭葡萄球菌、链球菌等常见致病菌。若出现脓性分泌物或眼睑红肿加重，需及时就医调整用药。
病毒性结膜炎常用更昔洛韦滴眼液、阿昔洛韦滴眼液等抗病毒药物。此类药物通过干扰病毒DNA复制抑制病毒增殖，适用于腺病毒或疱疹病毒引起的结膜充血。需注意病毒性结膜炎具有较强传染性，应做好个人用品消毒隔离。
过敏性结膜炎建议使用奥洛他定滴眼液、色甘酸钠滴眼液等抗过敏药物。这类药物通过稳定肥大细胞膜或阻断组胺受体，缓解眼痒、流泪等过敏症状。春季花粉季或接触尘螨后症状易加重，可配合冷敷缓解不适。
患者出现眼红、分泌物增多等症状时，应及时到眼科就诊明确病因。使用眼药水前需清洁双手，滴药时避免瓶口接触眼睛。若用药3天后症状无改善或出现视力下降，需立即停用并复诊。激素类眼药水需严格遵医嘱使用，不可擅自延长疗程。