治疗结膜炎的眼药水需根据病因选择，常见的有抗生素类、抗病毒类、抗过敏类等。患者应在医生指导下使用，避免自行用药。
结膜炎可分为细菌性、病毒性、过敏性等类型。细菌性结膜炎常用左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液、氯霉素滴眼液等抗生素药物抑制细菌繁殖。病毒性结膜炎可选用更昔洛韦滴眼液、阿昔洛韦滴眼液或干扰素α2b滴眼液控制病毒感染。过敏性结膜炎需使用奥洛他定滴眼液、色甘酸钠滴眼液等抗组胺药物，或氟米龙滴眼液等激素类药物缓解免疫反应。此外，人工泪液如玻璃酸钠滴眼液可用于缓解干涩症状。
使用眼药水前需明确结膜炎类型，细菌性感染与病毒性感染用药不同，错误使用可能延误治疗。滴眼时应避免瓶口接触眼睛，防止交叉感染。若用药后出现红肿加重、视力下降等情况需立即停用并就医。儿童、孕妇等特殊人群需严格遵循医嘱调整用药方案。