小孩功能性消化不良可以选择吃清淡和易消化的食物，或者选择吃新鲜的水果和蔬菜。
在饮食上要以清淡食物为主，尽量避免吃一些辛辣和刺激性比较强的食物，比如适当的吃一些粥类食物，包括了小米粥和山药粥，有利于胃肠道的吸收和利用，也不会加重胃肠道的负担。也可以选择吃新鲜的水果，包括了苹果和香蕉等，也可以选择吃蔬菜，包括了油麦菜和菠菜等。
小儿功能性消化不良可以配合中医调理的方法来做改善，比如针灸以及按摩，能够帮助食物尽快的吸收和消化。