手足口高烧39度需要及时退烧，一般可通过物理退烧和药物退烧，同时也需要通过抗病毒的药物进行联合治疗，有利于身体的恢复。
1、物理退烧：手足口是指手足口病，通常是肠道病毒感染引起的，可导致手部、足部、口腔内出现疱疹、红肿以及疼痛等症状，如果感染严重也可引起发烧的情况，从而可导致高烧39度，需要使用热毛巾擦拭额头、腋窝等部位，有利于促进局部散热，进而帮助退烧。
2、药物退烧：通常高烧39度通过物理退烧可以起到辅助治疗的作用，一般也需要使用布洛芬进行药物退烧，可以促进身体发热，有利于体温下降；
3、抗病毒药物：因手足口是由病毒感染引起的，在退烧期间也可能需要结合奥司他韦或者利巴韦林等抗病毒的药物治疗，有利于杀灭身体内的病毒，对于皮肤表面的疱疹也可以配合医生使用阿昔洛韦等抗疱疹的药物治疗。
手足口高烧39度，需要及时到医院进行检查，具体的用药需要严格遵照医嘱使用。在治疗期间也需要做好隔离以及防护措施，避免传染给他人，或者受到他人的交叉感染。