小孩基因突变可能是遗传、感染、放射线辐射等原因造成，因为每个人的情况不同，所以基因突变的原因会存在差异。
1、遗传：因为直系亲属有遗传性疾病，会使病基因遗传给下一代，引起小孩基因突变的情况。
2、感染：如果在怀孕期间受到病毒感染，会引起小孩基因突变。
3、放射线辐射：因为在怀孕期间接触CT等的放射线辐射检查，会刺激胎儿发生基因突变。
除了以上原因，也不排除是化学物质引起，需要做进一步相关检查来明确。