卤门凹陷危害一般导致多处中枢神经系统异常，如果是脑外伤所引起的一般会出现脑组织受损，可能会有生命危险。
1、中枢神经系统异常：卤门凹陷所对应的部位通常是小脑、中脑和脑桥，还有延髓等于多个位置，在凹陷比较严重的时候容易出现小脑受到压迫和强脑以及延髓受压，因此容易出现运动功能失调，还会出现呼吸中枢和心血管中枢以及体温中枢神经异常，对身体发育和健康有一定的影响；
2、脑组织受损：卤门是在头顶的位置，如果受到了外伤可能会导致卤门出现凹陷的症状，对应卤门的位置受到外力碰撞之后容易受到损伤，如果是在生长发育期间可能会导致宝宝智力发育异常，还会出现代谢紊乱等；
3、生命危险：脑组织受损所引起的卤门凹陷属于比较危险的，如果受损程度特别的严重一般是不可逆的，没有及时治疗的可能会导致昏迷和发烧，或者是出现生命危险，随时有死亡的可能性。
卤门凹陷一般是在幼儿时期，随着身体生长发育会慢慢的长平，但是在宝宝严重缺水的时候，通常也容易出现凹陷的症状，需要确定具体原因。