第二代试管婴儿的缺陷通常是因为在做第2代试管婴儿的时候，没有对精子和卵子进行全面筛查，所以后期会出现缺陷，如果有缺陷要及时根据医生指导终止妊娠，重新做试管。
试管婴儿一般分为三代，做第2代试管婴儿的时候，主要采取精子，卵泡注射技术会挑出一些优质的精子注入到女性的卵子当中进行培养和受精，但是依然会出现缺陷，因为在做筛查的时候没有完全筛出一些有缺陷的精子和卵子。
试过婴儿做第2代如果后期出现了缺陷，可能要终止妊娠，否则孩子出生后会伴随着有先天性畸形问题。