小儿隐匿性阴茎一般是遗传因素、先天性发育畸形、过度肥胖等原因引起，需要根据具体情况对症治疗。
1、遗传因素：小儿年龄增长和发育时龟头不能够向外露出属于隐匿性阴茎，和遗传因素有一定关系，比如父亲有包皮过长史，会增加小儿遗传几率，应该先以观察为主，做好局部的卫生清洁，随着发育有可能会好转。
2、先天性发育畸形：先天性包皮粘连也可能会引起小儿隐匿性阴茎，通常是发育不良的原因，可以在医生指导下进行包皮环切术。
3、过度肥胖：小儿过度肥胖时会导致阴茎埋藏于包皮下，可能会出现隐匿性阴茎，属于正常的生理现象，无需做特殊治疗。
也可以先进行观察，等到成人后再选择合理的方式治疗。