小孩疱疹性咽峡炎可能是由于肠道病毒感染引起的，也可能是由于柯萨奇病毒感染导致的，建议到医院进行相关的检查，在医生的指导下进行治疗。
肠道病毒感染：肠道病毒在身体内具有广泛受体，在病毒感染身体后可以不同靶组织的受体相结合，并且在各个组织器官的细胞中复制引起病理改变和应急反应，引起小孩疱疹性咽峡炎。
柯萨奇病毒中其他病毒可引起小孩超准性咽峡炎，病毒经过呼吸道进入身体后，会在咽喉黏膜、呼吸道、扁桃体等处繁殖，当身体免疫力下降时，病毒会引起病毒血症，侵犯脑、心、肾等重要器官，引起疱疹性咽峡炎。