肝内胆管结石的病因有遗传因素、胆内感染、胆汁淤积等。可根据不同的原因采取相应的治疗方式。
1、遗传因素：可能是遗传因素导致的，比如家族中有肝内胆管结石病史，遗传给后代的几率就会增加。
2、胆内感染：可能是胆道受到大肠埃希菌感染，并且在胆汁中大量繁殖形成的。
3、胆汁淤积：可能是胆汁中非结合胆红素含量不断的增高，在与钙离子结合后产生胆红素钙颗粒，在受到黏液物质聚集的作用后形成的。
除此以外，还可能是长期进食高热量、高脂肪的食物导致的。