宝宝耳朵小眼儿可能是遗传因素、先天性耳前瘘管等，应当及时到医院就诊。
1、遗传因素：如果父母和母亲双方当中有一方耳朵部位有小眼儿，下一代可能会有一定的遗传几率，如果没有出现不适症状，一般不需要特殊治疗；
2、先天性耳前瘘管：先天性耳前瘘管属于先天性畸形，宝宝耳朵部位可能会有小眼，还会伴有腭裂、耳聋、耳廓畸形等，有必要可能需要做瘘管切除术；
3、仓眼：宝宝耳朵小眼也可能是仓眼，属于耳朵部位慢性炎症反应，可以遵医嘱适当使用抗感染药物，比如头孢克肟颗粒、头孢克洛颗粒、莫匹罗星软膏。