婴儿心脏有小洞可能是卵圆孔没有闭合、房间隔缺损、心脏发育不良等原因导致的，可以到医院检查确定病因，对症治疗。
1、卵圆孔没有闭合：由于新生儿生长发育的速度是不一样的，部分新生儿心脏可能发育没有完善，导致卵圆孔未闭合，出现小洞属于正常的生理现象，一般不需要治疗，随着宝宝的生长会逐渐闭合。
2、房间隔缺损：不分新生儿，存在先天性心脏畸形，房间隔存在缺损，可以在医生的指导下进行缺损封堵术、缺损修补术等手术治疗。
3、心脏发育不良：如果宝宝有先天性心脏病，可能会影响心脏的发育，出现中间有小洞的情况，可以在医生的指导下通过支架手术、搭桥手术等手术方式治疗。
除了以上常见的原因外，还有可能是动脉导管未闭合导致的，具体的原因可以到医院就诊检查，针对性治疗。