怀孕三个月出血褐色可能是因为先兆流、过度劳累、阴道炎症等，要配合医生做治疗。
1、先兆流产：在怀孕期间如果出现了先兆流产，可能会伴有子宫收缩性出血，可能会出现褐色，可以配合医生通过黄体酮软胶囊、黄体酮注射液等药物治疗。
2、过度劳累：在怀孕期间如果过度劳累引起了刺激性的阴道黏膜出血，可能会形成褐色分泌物，可以适当的休息，有助于症状改善。
3、阴道炎症：在怀孕期间如果出现了阴道感染性炎症，也会引起阴道充血性少量出血，可能会出现褐色血液，可以配合医生通过阿莫西林胶囊、罗红霉素胶囊胶囊等药物治疗。
除了以上原因以外，也有可能是因为盆腔感染等，最好就诊以后做治疗。