新生儿吞咽功能障碍多考虑是先天发育异常引起的，但也不排除是吞咽功能减退、颅内感染等原因导致的，建议查明原因后采取合适的方式治疗。
1、先天发育异常：可能是胎儿时期气管和肺未发育成熟，通常会影响新生儿的吞咽功能，在临床上通常会出现呛咳、烦躁等症状。对于这种情况，建议尽早去医院检查，同时在医生的指导下治疗，并做好日常的护理。
2、吞咽功能减退：早产儿机体各组织器官还未发育成熟，主要是以胃管喂养为主，通常会影响吞咽功能，出现减退的情况。需要密切关注新生儿的身体情况，同时锻炼吞咽功能。
3、颅内感染：多考虑是颅脑损伤、免疫力低下等原因导致细菌侵犯脑部并诱发急性炎症的情况，临床上通常会出现发热、恶心等症状。患者需要在医生的指导下服用头孢呋辛酯片、头孢拉定分散片等药物治疗。
另外，还可能是先天性喉裂、缺血性脑病、脑出血等原因导致的，建议查明原因后遵医嘱治疗，避免影响身体健康。