新生儿眼睛有层五彩膜可能是因为视网膜发育异常、角膜炎、视网膜脱离等，需要明确原因以后做治疗。
1、视网膜发育异常：新生儿如果出现了先天性视网膜发育异常，可能会导致眼睛部位有无色彩膜，通常需要配合医生做手术修复。
2、角膜炎：新生儿如果出现了角膜炎，可能会导致角膜充血，容易伴有五彩膜，可以配合医生使用氯霉素滴眼液、庆大霉素双氯芬酸钠滴眼液、糠酸莫米松滴眼液等药物治疗。
3、视网膜脱落：新生儿如果出现了先天性视网膜脱落，可能会伴有五彩膜，一般需要做视网膜移植手术治疗。
除了以上原因以外，也有可能是因为泪囊炎等，要及时就诊做治疗。