三个月宝宝六天不大便有可能是便秘、肠道菌群失调、肠梗阻等原因，可以根据原因对症治疗。
1、便秘：有可能是宝宝肠道蠕动缓慢引起，容易出现便秘和出现长时间不大便情况。可以通过按摩腹部和热敷等方式缓解，有利于增加肠道蠕动和促进排便。
2、肠道益生菌失调：可能是饮食不规律等原因，容易引起宝宝出现肠道益生菌失调和容易出现不大便症状。可以在医生指导下使用双歧杆菌四联活菌散、枯草杆菌二联活菌颗粒等益生菌药物调理。
3、肠梗阻：可能是慢性炎症刺激或是感染原因，容易使肠道黏膜出现充血和引起梗阻，可能会出现不排便。要及时到医院做相关检查和治疗。
除以上原因以外，也可能是上火等原因，需要做相关检查和治疗。