婴儿眼珠不对称，可能是弱视、斜视、先天性眼睑下垂等原因所造成，通常需要根据不同的病因，在医生的指导下进行治疗。
1、弱视：视神经发育不良通常会引起眼睛弱视，眼珠不对称的症状，一般需要及时遵照医嘱进行压抑疗法或者遮盖疗法进行治疗。
2、斜视：当婴儿的神经肌肉出现病变，或者先天发育不良等时，都会引起双眼运动不协调，使眼珠出现不对称的现象，通常需要及时在医生的指导下，采用手术矫正的方法进行治疗。
3、先天性眼睑下垂：婴儿眼珠不对称可能是因基因遗传因素所导致，一般可以通过增加医嘱使用额肌肌瓣直接悬吊术的方法进行治疗。
除上述之外，婴儿眼珠不对称，还可能是因眼睑大小不同的原因所造成。