怀孕三个月肚子疼可能是腹部受凉、饮食不当、子宫收缩等原因引起，可以针对性治疗。
1、腹部受凉：在怀孕三个月时是属于孕早期，在这段时间免疫力比较低，在腹部受凉后可能会出现肠道频繁收缩，还会伴随着肚子疼，需要及时通过热敷来缓解。
2、饮食不当：怀孕三个月肚子疼，有可能是吃了辛辣食物和生冷食品之后引起，需要适当吃温热性食物调理，比如小米粥、细面条、红糖姜茶等。
3、子宫收缩：怀孕三个月肚子疼有可能是子宫收缩引起，还需要及时做B超检查，然后通过保胎治疗来改善。
除以上相对常见因素外也可能是先兆性流产引起，还需要及时做检查治疗。