1、遗传基因缺陷：夫妇任何一方有染色体异常可传至于代，染色体异常的胚胎有50%一60%发生早期自然流产。染色体异常包括：①数目异常：多见三体、X单体、三倍体等。②结构异常：多为染色体断裂、倒置、缺失和易位。染色体异常的胚胎即使少数妊娠至足月，出生后会发生畸形或有功能缺陷。如发生流产，妊娠产物有时仅为一空孕囊或已退化的胚胎。
2、母体因素
(1)全身性疾病：妊娠期患全身性感染，高热可引起子宫收缩导致流产。细菌毒素和病毒(如单纯疱疹病毒、巨细胞病毒等)通过胎盘进入胎儿血循环，使胎儿死亡导致流产;孕妇患严重贫血或心力衰竭可致胎儿缺氧，也能引起流产;孕妇患慢性肾炎或高血压，胎盘发生梗死也可引起流产。
(2)生殖器官异常：子宫畸形(如子宫发育不良、双子宫、子宫纵隔等)、子宫肿瘤(如黏膜下肌瘤等)，均可影响胚胎着床和发育而导致流产。宫颈重度裂伤、宫颈内口松弛导致胎膜早破而发生晚期自然流产。