小儿百日咳一般不存在最好的治疗方法，需要根据孩子的具体病情程度确定。小儿百日咳可以通过药物治疗、雾化治疗、物理治疗等方式缓解症状，效果相对都比较好。
1、药物治疗：小儿百日咳通常是由于感染没有及时控制引发长时间咳嗽，可以在医生的指导下使用小儿清肺化痰颗粒、小儿咳喘灵颗粒、阿奇霉素干混悬剂等药物治疗。
2、雾化治疗：患者不方便口服药物，可以在医生的指导下使用硫酸特布他林气雾剂、吸入用盐酸氨溴索溶液、吸入用布地奈德混悬液等药物进行雾化治疗。
3、物理治疗：小儿百日咳也可以在医生的指导下使用针灸、推拿、按摩等方式改善局部血液循环，疏通经络，缓解咳嗽的症状。