新生儿大便水样要根据原因针对性的治疗，有可能是受凉、消化不良、肠炎等原因。
1、受凉：有可能是新生儿腹部着凉或者是吃奶时里氧气进入体内的原因引起，容易使新生儿出现大便异常和引起拉水。可以通过加强保暖措施和热敷的方式缓解。
2、消化不良：一般是新生儿饮食过多的原因引起，容易导致肠胃内的食物不易消化，从而会出现消化不良和引起大便水样。可以在医生指导下使用双歧杆菌四联、活菌散蒙脱石散等药物治疗。
3、肠炎：多数是积极性感染引起容易导致气盛和肠道出现发炎和水肿，还会伴随大便水样和腹痛等症状。可以在医生指导下使用头孢克肟颗粒、蒙脱石散的药物治疗。
除以上的原因以外，也可能是结肠炎等原因，需要及时到医院就诊。