5个月宝宝发烧39度如果是普通炎症引起的发烧一般不是特别严重，如果是一些比较严重疾病引起的发烧，可能会比较严重，因此并不能确定。
5个月宝宝发烧通常是由多种因素引起的，如感冒或者是支气管炎，还有可能是肺炎，一般不是特别的严重，在经过治疗以后很快就会恢复。如果是患有其他恶性肿瘤性疾病所引起的发烧，通常会相对比较严重。发烧是一种比较常见的症状，并不能够根据发烧来判断病情的严重程度，要根据原发病因进行判断。
5个月宝宝发烧39度已经属于高烧，需要及时服用退烧药，比如布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚等药物，还要积极治疗原发疾病。