新生儿心脏有杂音可能是生理因素、房间隔缺失、法洛四联症等原因造成的。
1、生理因素：新生儿在平时大声哭闹或者情绪过度激动的情况下，可能会导致心脏里面有杂音，这属于一种比较正常的现象，是不需要进行特殊改善的。
2、房间隔缺失：如果新生儿出现了房间隔缺失现象，再次检查的时候也会引起心脏里面有杂音，如果不是特别严重，可以在长大之后再做治疗。
3、法洛四联症：母亲在怀孕过程当中，如果大量饮酒会导致新生儿的心脏受到一定影响，会导致法洛四联症，引起心脏有杂音。严重者可以通过心脏手术进行治疗。
除了以上比较常见原因以外，也有可能是毒物引起，要针对原因进行治疗。