生殖器流脓小便刺痛可能是因为龟头炎、尿道炎症、尿道脓肿等，需要及时的采取针对性的处理。
1、龟头炎：龟头部位如果出现了炎症性病变，导致龟头部位化脓，可能会引起流脓以及刺痛的症状，可以配合医生使用高锰酸钾溶液、红霉素软膏、他克莫司软膏涂抹等。
2、尿道炎症：尿道炎症通常会导致尿道黏膜充血，可能会伴有尿道内分泌物增多，容易引起的流脓和小便刺痛，可以配合医生通过阿莫西林胶囊、罗红霉素胶囊、左氧氟沙星胶囊等药物治疗。
3、尿道脓肿：尿道部位长时间炎症刺激，引起的局部有脓肿，可能会引起脓性分泌物，可以配合医生通过切开引流的方法治疗。
除了以上原因以外，也有可能是因为膀胱炎症、肾脏脓肿等，要及早的做治疗。