阴茎根部疼痛可能和前列腺炎、尿道炎、泌尿系统结石有很大的关联。
1、前列腺炎：前列腺炎主要是感染上了病原菌，导致前列腺部位出现肿胀或者是充血，引起阴茎根部疼痛，可以在医生的指导下使用左氧氟沙星胶囊、阿莫西林胶囊、头孢克肟分散片等药物治疗。
2、尿道炎：尿道炎主要是尿道部位出现了感染，出现尿道充血和疼痛，可以在医生的指导下使用三金片、诺氟沙星胶囊、头孢呋辛酯片等药物治疗。
3、泌尿系统结石：如果确定是泌尿系统结石，可以在医生的指导下使用别嘌呤片、碳酸氢钠片、净石灵胶囊等药物治疗。
除以上常见原因以外，也可能和阴茎根部囊肿有很大关系，需要及时到医院做相关检查，对症治疗。