小便时龟头尿道口疼痛可能是龟头炎、尿道炎、尿道结石等多种原因所造成的，需要根据个人的原因做针对性的调整和改善。
1、龟头炎：这是属于一种比较常见的疾病，主要是由于受到炎症感染所引起的，小便时存在有尿液刺痛的症状。一般需要在医生指导下使用阿莫西林胶囊、罗红霉素分散片、阿奇霉素分散片等药物调整。
2、尿道炎：尿道炎可能会出现小便时龟头放射性疼痛，甚至还会伴随着尿频和尿急。一般需要在医生指导下使用罗红霉素分散片、阿奇霉素分散片、头孢克肟片等药物调整。
3、尿道结石：尿道结石在排出的过程中，有可能会导致尿道口受到刺激，从而导致疼痛的症状，疼痛有可能会向龟头放射。一般可以通过超声波体外碎石的方法改善。
除了以上比较常见的原因之外，还有可能是尿道肿瘤所导致的，需要到医院通过进一步的检查确诊。