阴囊有黑色的小疙瘩可能是毛囊炎、病毒疣、色素痣等因素所引起。
1.毛囊炎：可能是生活当中没有做好个人清洁和护理，毛囊受到感染因素所引起，可以在医生指导下使用红霉素软膏、金霉素软膏、复方酮康唑软膏等药物治疗。
2.病毒疣：可能是受到了病毒感染，长了病毒疣，会导致阴囊有黑色小疙瘩，可以通过激光等方式进行治疗。
3.色素痣：这种情况很可能是黑色素堆积长了色素痣会累及阴囊，会导致阴囊有黑色小疙瘩，可以通过冷冻等方式进行。
上述原因之后，也可能是扁平疣等因素所引起，可以到医院做详细检查，对症治疗。