阴茎内部尿道里面疼痛可能是饮食不当、炎症刺激、尿道结石等因素所造成的，建议采取一般治疗、药物治疗、体外碎石等方法。
1、饮食不当：如果经常吃辛辣刺激性的食物，比如辣椒有可能会导致上火，而且还会对尿道组织造成刺激，从而出现尿道里面疼痛的症状，可以多喝一些温开水。
2、炎症刺激：如果长时间受到炎症刺激会引起炎症反应，出现尿道里面疼痛的症状，可以在医生的指导下服用盐酸左氧氟沙星片、甲硝唑片或者奥硝唑片等药物治疗。
3、尿道结石：如果尿道内存在结石，也会出现尿道刺痛的症状，建议及时到医院做B超检查，然后通过体外碎石的方法治疗。
除此之外还有可能是膀胱结石所造成的，建议到医院做进一步检查，然后对症治疗。