阴茎根部起水疱可能清洁卫生不到位、生殖器疱疹、包皮龟头炎等原因所造成。需要及时在医生的指导下进行诊治，有利于阴茎部位恢复健康。
1、清洁卫生不到位：没有做好阴茎部位清洁卫生时，容易导致阴茎部位出现不适症状发生，一般可以通过及时做好阴茎部位清洁护理改善。
2、生殖器疱疹：在感染单纯疱疹病毒之后容易使生殖器官出现糜烂、水疱、瘙痒等不适。通常需要遵照医嘱使用药物进行治疗，比如伐昔洛韦或者阿昔洛韦。
3、包皮龟头炎：当包皮龟头出现炎症刺激时，可能会导致阴茎根部出现异常。一般需要在医生的指导下使用红霉素软膏或者酮康唑软膏。
除上述之外，还可能是尖锐湿疣等因素引起，需要就医治疗，使身体康复。