男性生殖器长痘痘有可能是毛囊炎、尖锐湿疣、湿疹等不良的皮肤疾病引起的，需要根据不同的皮肤病做治疗。
1、毛囊炎：男性生殖器长痘痘很可能是在生活当中没有注意生殖器部位的清洁卫生，毛囊组织出现了炎症感染引起的，可以根据医生指导涂抹红霉素软膏和莫匹罗星乳膏等药物。
2、尖锐湿疣：如果男性的生殖器不会长出痘痘，也不排除是在生活当中接触到了人乳头瘤病毒感染者所造成的尖锐湿疣，可以通过激光方式去除。
3、湿疹：男性的生殖器长时间处于阴暗潮湿的环境下，很可能会长出湿疹，也会有长痘痘的症状，可以涂抹炉甘石洗剂或氧化锌乳膏等。
除了以上这些因素之外，也有一部分患者是珍珠疹或龟头炎等。