阴茎根部两侧疼痛可能是包皮包茎过长、性行为不当或发炎等原因导致的，需要根据不同病因对症治疗。
1、包皮包茎过长：如果到了一定年龄没有解决包皮包茎的问题，那么将会影响男性健康，造成龟头发炎、阴茎根部疼痛、包皮结石等症状。
2、性行为不当：可能是性生活体位不当或性生活次数频繁造成患者出现阴茎根部两侧疼痛的现象。
3、发炎：患者不注意卫生、过度自慰等都会导致阴茎发炎、泌尿系统感染等造成阴茎根部疼痛的症状。
患者一定要保持良好的生活习惯，注意个人卫生。