小便后阴茎刺痛有可能是龟头炎症所造成的，也有可能是尿道炎症所引起，也不排除是前列腺炎症疾病所引起，还需要到医院做检查才可以准确的判断出病情原因，及时根据病情的原因来选择针对性的治疗措施，才可以帮助病情得到改善。
1、龟头炎：对于包皮或者是包茎比较长的人群，如果没有做好局部的护理工作，就有可能会导致褶皱里面滋生很多的细菌和病菌，也会导致龟头受到细菌感染，从而引起龟头炎。通常会表现为小便频繁和小便刺痛，也会导致尿道口有灼烧在以及疼痛感。可以在医生的指导下，通过口服头孢克肟分散片或者阿莫西林胶囊等药物来做治疗。
2、尿道炎：尿道炎主要是尿道口受到了病原菌入侵所造成，会导致尿道口出现灼烧感及疼痛感，还会引起小便刺痛或者是尿出血等症状。可以遵医嘱通过口服罗红霉素胶囊或者是甲硝唑片等药物来做治疗。
3、前列腺炎症：前列腺炎症也是目前比较常见的一种疾病，在前列腺部位受到炎症感染之后会出现不良的反应症状，比如会引起刺痛感，同时还有可能会有尿频尿急等表现症状，需要在医生的指导下通过服用消炎药物治疗。