男性小便时尿道口疼痛，可能是因为患有前列腺炎、膀胱炎、尿道结石等因素导致。可以根据不同的病因采取相应的治疗方案。
1、前列腺炎：可能是出现前列腺炎以后，导致前列腺肿胀，压迫前列腺周围行走神经引起。
2、膀胱炎：可能是患有膀胱炎以后，在炎症因子刺激下导致膀胱出血、水肿引起，同时可能会伴随尿频、尿急、尿液浑浊等现象。
3、尿道结石：可能是出现尿道结石以后，结石在尿道中持续移动产生刺激引起，同时可能会伴随排尿费力、尿血等现象。
此外，如果出现尿道炎也可能会引起上述现象，建议患者在医生的指导下规范治疗，改善病情。