阴茎发育不良的症状可能会伴随着膀胱、阴茎以及尿道的发育不良，会出现尿道下裂或者是尿道上裂的影响。
阴茎发育不良可能会导致包皮包茎，不仅是龟头炎，还可能会出现前列腺炎的症状，也可能会出现一系列的男性疾病，可能会伴随着阴道的疼痛，或者是性生活疼痛的症状。如果男性的阴茎发育不良没有明显的症状，需要通过检查或者是外观的方法来判断。
男性发育异常或者是睾丸不发育的情况下，都会影响到男性的生育能力，也会影响到精子的质量。