阴茎短小的危害有降低性生活质量、生育能力下降、威胁生殖健康、心理负担加重、不能满足性伴侣等。
1、降低性生活质量：阴茎短小一般对于身体健康并不会有危害，不过性生活的质量可能会下降，因为性功能会相对较弱，甚至出现性功能障碍，不能够正常勃起，即使勃起也是很短时间。
2、生育能力下降：男性的阴茎短小比较严重，性生活不能够正常完成，所以阻碍了精子和卵子的相互结合，不能够正常受精，所以会出现男性不育，出现阴茎短小的时候应该引起重视。
3、威胁生殖健康：对于阴茎短小的男性来说，可能会出现包皮过长或者是包茎，所以包皮垢长时间堆积，不能够及时清理干净，可能会导致前列腺炎或者是龟头炎以及阴茎炎等发生。
4、心理负担加重：阴茎短小的情况长时间没有得到改善，可能会造成心理的负担加重，也会担心被身边的人指指点点，不敢去公共浴池或者是公共厕所。
5、不能满足性伴侣：性生活不能够正常完成的阴茎短小男性，会导致性伴侣也得不到满足，影响夫妻之间感情。