阴茎根部隐隐作痛可能是睾丸炎、附睾炎、前列腺炎等原因导致。
1、睾丸炎：睾丸炎主要受到细菌和病毒感染原因造成的，在患病以后容易导致局部出现疼痛和睾丸肿大等症状发生，需要遵医嘱选择阿莫西林胶囊、盐酸左氧氟沙星胶囊、乳酸左氧氟沙星片等药物治疗。
2、附睾炎：附睾炎主要受到细菌感染原因造成的，在患病以后受到炎症刺激可能会引起以上症状发生，遵医嘱选择头孢克肟胶囊、头孢呋辛酯片、甲硝唑片等药物治疗。
3、前列腺炎：如果患者有不洁的性生活，可能会诱发前列腺炎，从而引起以上症状发生，遵医嘱选择阿奇霉素分散片、头孢克肟胶囊等。
除以上原因以外，也有可能跟尿道炎因素有一定关系，需要到医院就诊，根据自身病因选择合适方法治疗。