大排畸和小排畸的区别通常在于以下：
1、大排畸：大排畸检查主要是在怀孕的早期对胎儿的全身器官进行排畸检查。一般包括多指、肾脏积水、缺指、脑积水以及先天性心脏病等。检查时间段一般在怀孕后的18周到24周进行。
2、小排畸：小排畸一般在怀孕后的28周到32周进行，属于孕晚期进行的进一步畸形筛查，在筛查的过程当中能够明确胎儿是否存在先天性心脏病、脑积水以及侧脑室增宽等情况。
一般情况下，小排畸是在大排畸的基础上进一步完善相关的检查，一般属于必检项。